Обновляете ли вы только свои устройства до iOS 5.1?или
Вы установили новый Xcode 4.3.1 из AppStore?
То, где доступен iOS 5.1 SDK и MonoDevelop 2.8.6.5 , должно автоматически поднять его.
В меню MonoDevelop выберите Об элементе Mono Develop , выберите вкладку Информация о версии и посмотрите, нет ли что-либо в списке как отсутствующее (или просто выглядит неправильно).Вы можете отредактировать свой вопрос, включив эту информацию (до раздела Загруженные сборки ).