Почему бы не написать моно-исполняемый файл, который принимает путь к DLL и метод точки входа в качестве параметров? Затем exe будет использовать отражение для загрузки DLL и выполнения указанного метода. (Вы можете выбрать конвенциональное переконфигурирование, указав в своей DLL что-то вроде метода DllMain, который exe-файл будет знать для автоматического вызова. Тогда потребуется только один параметр и цель вашего кода станет более очевидной.)
Реализация такого апплета даст вам утилиту, похожую на RunDll в Windows, и позволит вам запускать моно-DLL из cron.