Вам не нужно сначала удалять версию apt-get, но это хорошая идея, чтобы в будущем вам не пришлось случайно просматривать пользовательскую перекомпиляцию с обновлением apt-get или аналогичным обновлением системы.
Есть несколько причин, по которым ваша перекомпиляция может не сработать. Имеет ли установщик правильные разрешения для перезаписи существующего файла? Помещает ли .configure скомпилированный двоичный файл в то же место, что и apt-get? (--sbin-path = / где вы хотите установить в .configure, если нет / sbin / nginx) Работал ли nginx при перекомпиляции? Программа установки может не перезаписать открытый файл. (Вы перезапустили nginx, верно?) Может быть, что-то еще, но я бы начал искать.