Какие пакеты хорошо используют объекты S4?

Question

Какие пакеты R хорошо используют классы S4?Я ищу пакеты, которые используют S4 надлежащим образом (то есть, когда сложность основной проблемы требует), хорошо написаны и хорошо документированы (чтобы вы могли прочитать код и понять, что происходит).

Мне интересно, потому что я скоро буду преподавать S4, и я хотел бы указать студентам на хорошие примеры на практике, чтобы они могли прочитать код, который поможет им учиться.

Answer 1

Думаете об этом еще немного, может быть Matrix и / или lme4 ? Матрица делает много хитрости с эффективным представлением разреженных матриц, так что это может быть полезным (хотя, возможно, тяжелым) примером.

Иначе, учитывая, что все BioConductor выполнены на S4, некоторые из них должны быть лучше, чем в среднем :) Я уверен, что Мартин Морган представит хорошие примеры.

Answer 2

Это не совсем отвечает на ваш вопрос, но ....

• R в двух словах разрабатывает класс S4 для timeseries object и затем сравнивает его с представлением S3. Это очень хорошая иллюстрация (не будучи слишком сложной или слишком простой) различий между S3 и S4.
• Программирование R для Биоинформатики кратко обсуждает объект набора ExpressionSet.

Что касается использования пакетов Bioconductor, вы можете обнаружить, что для полной оценки кода - или даже просто для начала - вам понадобится разумное знание биологии. Я предполагаю, что то же самое относится к сложным статистическим пакетам; вам нужно иметь смутное представление о том, что происходит, чтобы понять причины, стоящие за структурой кода.

Answer 3

На последнем заседании LondonR Брэндон Уичер дал захватывающий доклад об использовании классов S4 в своем пакете dcemriS4 для использования при анализе магнитно-резонансной томографии (МРТ) в медицинских исследованиях.

Его доклад доступен здесь: http://www.londonr.org/Medical%20Image%20Analysis%20using%20S4%20classes%20&%20methods.pdf

И пакет находится на CRAN: http://star -www.st-andrews.ac.uk / Cran / веб / пакеты / dcemriS4 / index.html

Answer 4

sp и зависимые пакеты используют S4 и хорошо документированы.Альфа и Омега для пространственного материала в R.

Answer 5

Я бы выбрал kernlab , который дополнительно включает в себя много кода C.

Он поставляется с удобной виньеткой , подробно описывающей некоторые концепции S4.(Хотя, похоже, для документации не используется roxygen , но здесь вопрос не в этом.)

Answer 6

Пытаясь овладеть системой S4, я наткнулся на образовательный пакет sequence. Реализация системы классов проиллюстрирована в прилагаемом наборе слайдов в репо roo того же автора. Хотя используемый пример взят из биостатистики, хорошо следовать.

Это отличный учебный ресурс, потому что автор тщательно сравнивал различные объектные системы, сохраняя при этом сложность пакета, достаточную для обучения.