Вы можете захватывать события мыши в зависимости от того, к какому JPanel прикреплен MouseListener, и он не перегружен компонентами, к которым также добавлены MouseListener, и которые лежат на или выше исходного JPanel.Это похоже на ситуацию, идеально подходящую для создания небольшого тестового класса, который является самым простым из графического интерфейса пользователя, в котором нет никаких наворотов вашего графического интерфейса, но который иллюстрирует вашу проблему и обнадеживающее решение.
Также, пожалуйста,Знайте, что прозрачность не играет никакой роли, кроме как отвлекает.