mouseEnabledWhereTransparent не действует, если в группе, в которой он установлен, нет прослушивателей событий мыши.В вашем примере объект Button имеет прослушиватель события click, а объект обложки Button (SparkSkin) - нет.
Из ASDoc для GroupBase.mouseEnabledWhereTransparent:
"Это свойство входит только вэффект, если к этому экземпляру добавляются события жестов мыши, касания или флэш-плеера. "
Обходной путь для вас - добавить прослушиватель событий мыши в оболочку, который ничего не будет делать, например:
<s:SparkSkin xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009" xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark"
mouseEnabledWhereTransparent="true" click="doNothing()">
<fx:Script>
<![CDATA[
protected function doNothing():void {
trace('doNothing');
}
]]>
</fx:Script>
...
</s:SparkSkin>
Основным вариантом использования этого свойства было добавление событий щелчка непосредственно в группу, но интересно подумать о приведенном вами случае.Возможно, было бы целесообразно подать запрос на улучшение в соответствии со словами «Установка mouseEnabledWhereTransparent на тему оформления должна иметь эффект, если к hostComponent подключены прослушиватели мыши».