Если вы пишете игры, это было бы возможно, вы можете легко перенести их между приложением метро и веб-приложением без необходимости изменения буквы кода. Это потому, что вы на самом деле не используете библиотеку WinJS.
Для веб-приложений я бы не советовал, потому что это означало бы, что вы не можете использовать инфраструктуру WinRT. Это также означает, что вы потеряете много функциональных возможностей. Например, что с поиском и поделиться прелестями. По сути, они предназначены для приложения Metro, но не используются в веб-приложении.
Платформа WinRT также оптимизирована для производительности. Поэтому рекомендуется использовать это вместо фреймворка, такого как jQuery, или другого фреймворка. Вероятно, будет медленнее.
Другой вопрос, который вы должны задать себе: если вы можете написать это для Интернета, зачем вам превращать его в приложение Metro? Какова будет ценность этого?
Последнее, что я хочу сделать, это следующее: Веб-приложения (на данный момент) предназначены для работы в Интернете. При работе с приложением метро необходимо учитывать, что приложение также должно работать в автономном режиме. Это означает дополнительную абстракцию.
Как Андре упомянул в своем ответе. HTML5 / JS предоставляет только дополнительный способ разработки приложения. Microsoft просто сделала возможным, чтобы больше людей могли писать приложения на языке, который им знаком.