проблема преобразования numpy2ri с rpy2 2.2.2 - PullRequest
Новая
       5

проблема преобразования numpy2ri с rpy2 2.2.2

1 голос
/ 27 июля 2011

Я использую rpy2-2.2.2 с новым бесплатным дистрибутивом Enthought для Python, который включает numpy 1.6.0 и python 2.7.2.Я установил rpy2 easy_installed, что привело к установке v. 2.2.2, и все тесты прошли успешно.

Проблема, с которой я столкнулся, заключается в написанном мною коде, который прекрасно работал с rpy2 2.1.8 и python 2.6.Проблема заключается в преобразовании массива из numpy в R.

Вот фрагмент соответствующего кода: 

import rpy2                    
import rpy2.rinterface as rinterface
import rpy2.robjects as rob    
import rpy2.rlike.container as rlc
import numpy as np            
import rpy2.robjects.numpy2ri  
r = rob.r
...
    HGr     = rob.conversion.py2ri(HG_reg)
    RHSr    = rob.conversion.py2ri(RHS)
    #
    CalData = rlc.TaggedList([HGr,RHSr],tags=('hg','rhs'))
    CalData = rob.DataFrame(CalData)

    r('''library(pls)''')
    #rob.globalEnv["HGr"] = HGr
    #rob.globalEnv["RHSr"] = RHSr
    rob.globalenv["CalData"] = CalData


    # perform the PLS regression
    if wetlflag:
        HGresults = r.plsr(r("hg ~ rhs.1 + rhs.2 + rhs.3 + rhs.4"),data=CalData,validation="LOO")

Я с радостью признаю, что это не самый элегантный способ сделать что-то,но это работало раньше и сейчас, когда мне нужно предоставить результаты, все сломано (!).Я получаю следующую ошибку: 

   Traceback (most recent call last):
  File "Mercury_PLS_WL_DF.py", line 224, in <module>
    HGr     = rob.conversion.py2ri(HG_reg)
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110726-py2.7-macosx-10.5-i386.egg/rpy2/robjects/__init__.py", line 134, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

Я нашел обсуждение здесь , и у меня сложилось впечатление, что массивы numpy теперь автоматически преобразуются в массивы R, но комментируя rob.conversion.py2ri(HG_reg)операторы и непосредственное использование numy-массивов, похоже, тоже не работают.Я что-то упускаю из виду?Почему этот разрыв между 2.1.8 и 2.2.2?

1 Ответ

3 голосов
/ 27 июля 2011

С http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html#from-numpy-to-rpy2:

Внимание

В более ранних версиях rpy2 импорт - это все, что было необходимо для преобразования. Побочный эффект при импорте модуля может привести к проблемам, и теперь существует дополнительный шаг для активизации преобразования: вызовите функцию rpy2.robjects.activate ().

Итак, поставьте rpy2.robjects.activate() после импорта, и все будет в порядке.

...