Если все, что вы действительно спрашиваете, это то, как SmartUtils Portable Storage делает свое волшебство, тогда я бы предположил, что это самоисполняющийся zip-архив. EXE-файл архива (так же, как создаются WinZip или 7-Zip) автоматически извлекает и выполняет exe-приложение вашего приложения из временной папки, а также предоставляет вам API, который сводится к способам извлечения, манипулирования и изменения этого исходного исполняющий архив.
Таким образом, Windows никогда не пытается изменить работающий .exe. Скорее всего, ваш .exe (временный файл извлекается и запускается) - это то, что выполняется (и связанные с ним библиотеки), которое манипулирует исходным файлом .exe (на самом деле самозапускающийся архив - возможно, .zip).
В следующий раз, когда пользователь «запустит» измененный «exe», снова ваш .exe извлекается и запускается, и он снова может манипулировать самораспаковывающимся .exe.
Надеюсь, это имеет смысл для вас.
И это только лучшая догадка!