Первое приложение ASP.Net, которое будет запущено в пуле приложений, определит используемую версию .Net Framework. Если вы хотите запускать приложения ASP.Net 2/3 / 3.5 на том же IIS6, что и приложения ASP.Net 4, поместите их в отдельные пулы приложений.