Не уверен, что вы получили ответ на этот вопрос, но вы можете включить несколько файлов манифеста и указать, какие файлы вам нужны, внизу страницы.
Другими словами, я мог бы создать нижний колонтитул.Файл манифеста js, скажите, чтобы он включал нужные скрипты, а затем в нижней части шаблона представления включите его так же, как вы делаете файл application.js с тегом
<%= javascript_include_tag("footer") %>
.
Вы можете прочитать больше здесь -
http://coderberry.me/blog/2012/04/24/asset-pipeline-for-dummies/