У нас установлен корневой каталог Sitefinity с множеством подпапок, содержащих пользовательские страницы. Обычно мы создаем пользовательский контроль, добавляем его в файл sitefinity ToolboxesConfig.config, а затем перетаскиваем на страницу CMS sitefinity. Я полагаю, что это то, о чем вы говорите, чтобы «редакторы CMS вставляли модули на страницах».
У нас также есть главные / дочерние страницы, которые импортируются как шаблоны страниц в Sitefinity, и они хорошо работают. Вы также можете ссылаться с любой страницы CMS на обычную страницу .aspx в своей собственной подпапке и реализовывать там код, который использует API sitefinity, но мы лично сочли это гораздо более хитрым и отклонили от этого подхода, когда это было возможно.
Таким образом, в двух словах, пользовательский код относительно легко интегрировать в sitefinity, если вы можете сжать его в пользовательский элемент управления или главную страницу.
Отказ от ответственности: все это было сделано с помощью обычной разработки веб-форм. Я не уверен, как сайт MVC будет взаимодействовать с Sitefinity (который, я считаю, в любом случае построен с использованием самой архитектуры MVC).
Часть вашего вопроса, в которой я не уверен, касается пользовательских веб-приложений во вложенных ветках. Я бы порекомендовал установить пробную версию sitefinity и попытаться интегрировать одну ветку в качестве прототипа. Это может занять день, но стоило бы знать, собирается ли маршрут sitefinity вызвать у вас душевную боль.