Даниэль определенно прав. Это ужасная проблема.
Однако может быть другое решение. Если вы используете многоуровневые меню, которые открываются и закрываются, можно написать код JavaScript, который буквально скрывает проблемные элементы SELECT при открытии всплывающего окна (стиль элемента должен иметь видимость скрытого). Затем, когда меню закроется, вы можете отобразить тот же самый элемент SELECT.
Тогда вам просто нужно написать код, который определяет, какие объекты SELECT мешают определенному меню перед его открытием. Это не тривиальный код, но его можно написать. Тогда я бы просто обернул весь кусок кода в условие, которое проверяет, находится ли пользователь в IE, так как нет необходимости запускать это в Firefox или Safari.