Теоретически да. Практически вам сначала нужно получить (или создать себя) класс, производный от System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator
, который будет отвечать за генерацию SQL для MySQL. Здесь больше о настройке (или переписывании) генерации SQL.
Вы также можете подождать, пока разработчики EF, поддерживающие поставщиков ADO.NET, не включат эту функцию в свои пакеты. Например, Devart уже начал работу над поддержкой миграции для своих Oracle, MySQL, PostgreSQL и SQLite.