Ответы на ваш вопрос частично зависят от цели ваших сгенерированных классов.
Если классы создаются как часть разработки , они должны создаваться как текстовые файлы и регистрироваться в вашем SCM, как и любой другой класс.
Если ваши классы генерируются динамически в время выполнения как часть работы вашей системы, я бы вообще не использовал CodeDOM. Я бы использовал Reflection.