Поскольку у вас есть XML, имеет смысл использовать синтаксический анализатор XML.Например, с lxml :
import lxml.etree as ET
import datetime
mydate = datetime.datetime.now()
doc = ET.fromstring('<start>%??</start>')
for start in doc.xpath('//start'):
start.text = start.text.replace('%??',str(mydate))
print(ET.tostring(doc))
выход
<start>2011-11-07 12:28:58.883274</start>