Это неправильный способ извлечь шрифт. Чтобы прочитать шрифт, нужно пройтись по страницам PDF и извлечь шрифт, как показано ниже:
PDDocument doc = PDDocument.load("C:/mydoc3.pdf");
List<PDPage> pages = doc.getDocumentCatalog().getAllPages();
for(PDPage page:pages){
Map<String,PDFont> pageFonts=page.getResources().getFonts();
}