На это поведение влияет то, что именно сравнивается. При сравнении двух локальных файлов на вид влияет первый и второй выбор. При использовании, например, GIT с левой стороны всегда будет тем, что присутствует локально, текущим извлеченным ответвлением или локальными изменениями - поэтому изменение ответвления повлияет на вид При использовании SVN это в основном то же самое, поэтому левая рука локально, правая рука удаленно.