Когда я захожу на Trello на моем iPhone и добавляю его в закладки на домашний экран, затем перехожу на ссылку с домашнего экрана, она открывается не в Safari, а в новом приложении.Как это сделать?
<meta name="apple-mobile-web-app-capable" content="yes" />
в вашем <head> блоке.
<head>
В iOS это называется Web Clip.Взгляните на эту документацию: http://developer.apple.com/library/IOs/#documentation/AppleApplications/Reference/SafariWebContent/ConfiguringWebApplications/ConfiguringWebApplications.html
А вот библиотека JavaScript, которая сделает приятный небольшой всплывающий элемент «добавить на домашний экран»: http://cubiq.org/add-to-home-screen