Другой вариант - посмотреть на работу подчиненного веб-сервера, который взаимодействует с той же базой данных.Подчиненный сервер может выполнять переиндексацию (работает с apache на 99% ЦП) и записывать скромное количество обновлений на работающий сервер, не нагружая его, возможно, 2-3% ЦП при вызовах mysql.Таким образом у вас не будет проблем с производительностью на внешнем сервере.
Посмотрите файл /app/etc/local.xml для подключения mysql и откройте порт 3306 на работающем сервере.Затем настройте сервер разработки для выполнения «тяжелой переиндексации».