Если вы застряли, используя flat, то вы застряли, используя старомодный способ их обновления: чтение из оригинала, запись во временный файл, либо запись исходной строки, либо изменение данных, а затем запись этого. Чтобы добавить данные, запишите их во временный файл в соответствующей точке; чтобы удалить данные, просто не копируйте их из исходного файла.
Наконец, закройте оба файла и переименуйте временный файл в исходное имя файла.
В качестве альтернативы, возможно, пришло время подумать о небольшой базе данных.