Вам нужно перечислить имена файлов в виде строки?
Большинство языков принимает массивы в строке запроса, так что вы можете написать это как
http://someSite/someApp/myUtil.ashx?files[]=file1.txt&files[]=file2.bmp&files[]=file3.doc
Если это не так или вы не можете использовать его по какой-либо другой причине, вам следует придерживаться разделителя, который либо не разрешен, либо необычен в имени файла. Трубка (|) - хороший вариант, в противном случае вы можете urlencode невидимого символа, поскольку его довольно легко использовать при кодировании, но на самом деле его сложнее включить в имя файла.
Я обычно использую массивы, когда это возможно, и трубу иначе.