Будут ли эти аннотации отличаться в зависимости от структуры реализаций, такой как apache cxf или jersey, или любой другой инфраструктуры?
Нет. Смысл стандарта JAX-RS (и остальной части Java EE) заключается именно в том, чтобы аннотации работали одинаково во всех реализациях. Конечно, всегда будут ошибки и различия в интерпретации, которые приводят к различному поведению, но в целом это имеет тенденцию работать довольно хорошо.
Однако могут существовать дополнительные , аннотации, специфичные для реализации, которые предоставляют желаемую функциональность, которая не покрыта стандартом (их довольно много для реализаций EJB и JPA, не уверен насчет JAX-RS). ). Их использование сделает ваше приложение зависимым от конкретной реализации.