Исходя из вашего тега, я предполагаю, что вы имеете в виду Eclipse. Для этого откройте меню «Окно» -> «Параметры», а затем в разделе «Java -> Компилятор -> Javadoc» появится раскрывающийся список, который позволит вам рассматривать отсутствующие теги Javadoc как «Ошибка», «Предупреждение» или «Игнорировать».
Этот ответ был для последней версии Eclipse, но если вы ищете Javadoc в поиске предпочтений, вы сможете найти его достаточно легко.