Вы можете заменить свойства в командной строке, если это соответствует вашей ситуации. Я изменяю версию своего проекта в pom в командной строке (на самом деле через сценарии NAnt). Например:
mvn deploy -Dproject.version=1.00.00.0-Something-SNAPSHOT
Вы упомянули, что хотите изменить свойство, которое находится в родительских тегах. В maven 2 (не уверен в maven 3) что-либо в родительских тегах не может быть свойством и должно быть фактическими значениями Maven не оценивает свойства в родительских тегах.