Используйте команды, а не действия.Код ниже должен работать.
<extension
point="org.eclipse.ui.menus">
<menuContribution
locationURI="popup:org.eclipse.jdt.ui.PackageExplorer">
<command
commandId="my id"
label="my command label"
style="push">
<visibleWhen>
<with variable="activeMenuSelection">
<iterate
ifEmpty="false">
<adapt type="org.eclipse.core.resources.IResource">
<test property="org.eclipse.core.resources.name" value="*.java" />
</adapt>
</iterate>
</with>
</visibleWhen>
</command>
</menuContribution>
</extension>
Однако, если вы должны внести действие, вот как это сделать .
Что касается удаления элементов из меню, этот вопрос имеетуже несколько раз публиковался и отвечал на SO, например, здесь .