Найден ответ тем, у кого похожие проблемы (этот ответ пришел с форумов Fancybox):
После дальнейших тестов я выяснил, в чем проблема, и это происходит, когда вы быстро и последовательно открываете и закрываете Fancybox. Кажется, что анимация (цикл jQuery) создает нечто, называемое "наращивание очереди анимации" (http://www.learningjquery.com/2009/01/quick-tip-prevent-animation-queue-buildup),, что происходит при взаимодействии с другими js-скриптами, которые обрабатывают анимацию (Fancybox использует прозрачную анимацию в оверлее).
Я бы сказал, что это не проблема fancybox, и что вы должны перенести ее на форум плагинов цикла, однако (так как вы используете облегченную версию), вы можете отредактировать файл cyc js и сделать следующее изменения, чтобы минимизировать влияние проблемы (по крайней мере, она не исчезнет с вашей страницы):
Заменить строку 166:
var fn = function() {$n.animate(opts.animIn, opts.speedIn,
opts.easeIn, cb)};
с этим:
var fn = function() {$n.animate(opts.animIn, 1000, opts.easeIn, cb)};
и строка 167:
$l.animate(opts.animOut, opts.speedOut, opts.easeOut, function() {
с этим:
$l.animate(opts.animOut,{queue:false, duration: opts.speedOut},
opts.easeOut, function() {