Предпосылка вашего вопроса не совсем верна.Xuggle - это фреймворк, построенный на Ffmpeg, чтобы упростить использование Ffmpeg в Java.Ffmpeg - это то, что захватывает видео, а Xuggle - это просто способ сказать Ffmpeg, что делать.Если вы используете Xuggle, вы будете * использовать Ffmpeg.
* Вы можете настроить его для использования других кодеков, но это не слишком просто и довольно бессмысленно.