Я думаю, что нашел то, что делал неправильно.Моя база данных автоматически сжимается при закрытии, поэтому, когда она попыталась это сделать, Access спросила меня, хочу ли я «удалить сжатую базу данных из системы контроля версий».Я думал, что это означает, что он просто не будет хранить файл .mdb, но все равно будет хранить объекты (например, таблицы, vba, запросы, формы и т. Д.) В исходном коде.Однако, похоже, это полностью удаляет его ... из MSDN:
"Изменения в поведении Microsoft Access
Использование команды Compact Database
Для того, чтобы взять базу данных, котораянаходится под контролем исходного кода и доставляет его пользователю, вам нужен способ обрезать связи базы данных с контролем исходного кода.При сжатии базы данных, которая находится под контролем исходного кода, Microsoft Access 2000 предлагает удалить базу данных из исходного кода.control.
Чтобы удалить базу данных из элемента управления исходного кода, Microsoft Access просто удаляет свойства Visual SourceSafe из базы данных Microsoft Access и ее объектов. "
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa155494(v=office.10).aspx
Когда я сказал, что не удаляйте сжатую базу данных из системы управления исходным кодом, моя база данных и ее объекты остались под источником.