Я не уверен, что Prism изменит это, но основные сборки Silverlight отличаются от основных сборок .NET, поэтому проект Silverlight всегда будет создаваться как проект Silverlight. Если вы сосредоточены на многоуровневой архитектуре веб-сервисов с тонкими клиентами, то поддержка WPF и Silverlight должна быть минимальной.
Кроме того, вы можете обмениваться общими библиотеками сущностей между ними, создав проект сущностей, а затем проект silverlight, который содержит ссылки на классы модели вашего домена. Таким образом, могут быть созданы идентичные сборки модели домена как для основных приложений Silverlight, так и для .NET, и они могут даже передаваться туда и обратно в веб-службы, использующие службы WCF.