В controls.js библиотеки Scriptaculous, строка 286: изменить «this.index = 0;» to "this.index = -1;" Это решит вашу проблему.
Больно, что нет опции по линии {autoSelectFirst: false}. Надеюсь, в будущем выпуске:)
В другой заметке вы можете взглянуть на: http://docs.jquery.com/Plugins/Autocomplete
, который позволяет отключить выбор первой опции из коробки.