Вы хотите изменить:
- ваш .проект
- ваш .classpath (в конце концов)
- ваши настройки, если вам не повезло
Как сказал Крис Нава, лучший способ сделать это - создать пустой проект JPA и сравнить его с вашим.
Я обнаружил, что иногда необходимо удалить исходный проект (не «удалять содержимое проекта на диске»!) И повторно импортировать его, чтобы сделать Eclipse счастливым.