Используйте .absUrl("href")
вместо .attr("href")
.Это работает только тогда, когда вы получаете документ с веб-страницы или анализируете файл full с диска (и, следовательно, не переносите части из HTML в текст и обратно, как в вашем примере).
Document document = Jsoup.connect("http://stackoverflow.com").get();
Elements paragraphLinks = document.select("p a");
for (Element paragraphLink : paragraphLinks) {
String absUrl = paragraphLink.absUrl("href");
// ...
}