Наконец-то я узнал точный способ выполнения этого запроса, ребята, используйте его
$profileIds = "1,2,3";
$matchjobQry = $this->_db->select()->from('user_resume_skill')
->where('rsl_status=1')
//this is the exact way of approaching zend, and finally got the answer
->where('FIND_IN_SET(rsl_prf_id,(?))', "$profileIds");
$matchjobRes = $this->_db->fetchAll($matchjobQry);