Существует опция конфигурации doxygen HTML_EXTRA_FILES, которая позволяет копировать дополнительные файлы в корень HTML-документации. Вы должны быть в состоянии указать следующее, чтобы скопировать файл:
HTML_EXTRA_FILES = ../documents/xxx.pdf
Это поместит xxx.pdf в корень документации HTML, поэтому вам, вероятно, потребуется изменить ссылку на:
<a href="xxx.pdf" target="_blank"><b>Overview</b></a>