Вы должны попробовать с Gephi . Это очень большой график, но я думаю, что вы можете справиться с ним с правильным компьютером.
Советую попробовать OpenOrd ( здесь ) или ForceAtlas в параллельной версии ( здесь )
Вы можете выполнить рендеринг в формате SVG или PDF, чтобы экспортировать график для «настройки графики»