Для первой части см .:
Разница между Apache CXF и Axis
По второму вопросу: CXF очень гибкий. Вы можете использовать JAR, WAR, OSGi bundle, класс "main method", контекст Spring, blueprint и т. Д. ... Существует множество опций в зависимости от того, что лучше для вас работает.
Есть много обучающих программ, таких как:
http://cxf.apache.org/resources-and-articles.html
, чтобы помочь вам начать, и в CXF есть несколько примеров.