Если я правильно понимаю, что веб-приложение, которое вы будете создавать, НЕ является веб-приложением SharePoint, просто веб-приложением ASP.NET, которое будет вызывать в SharePoint для обновления списков данными, предположительно собранными вашим приложением.
Это совершенно приемлемая схема, я думаю, что именно для этого предназначены веб-службы списка.
Единственная хитрость, с которой вы можете столкнуться, заключается в том, что вам нужно перетаскивать данные из одного из списков обратно в ваше веб-приложение. Двунаправленная синхронизация - всегда липкая калитка.