Использовать параметр версии как в:
setup(
windows = [
{'script': PyAppName,
'icon_resources':[(0, Icon)],
'dest_base' : Exe[:-4],
'version' : AppVers,
'company_name' : "JoaquinAbian",
'copyright' : "No Copyrights",
'name' : AppName
}
],
где AppVers - версия вашей программы