Что вы подразумеваете под «главным меню приложений»? Вы ссылаетесь на раздел «Приложения» в Обзоре действий или у вас есть расширение оболочки GNOME, которое добавляет меню приложений на одну из панелей?
В любом случае они будут основаны на спецификации входа рабочего стола и спецификации меню рабочего стола от freedesktop.org.
Итак, если вам просто нужно манипулировать, какие приложения появляются в каких категориях, вы бы отредактировали ключ Categories в файле .desktop приложений.
Вы можете использовать Desktop Entry Editor для редактирования .desktop файлов в графическом интерфейсе (запустите его как root, чтобы редактировать записи рабочего стола для приложений, установленных в системных каталогах /usr/share/applications и /usr/local/share/applciations и запустить как обычный пользователь, чтобы создавать свои собственные программы запуска приложений в ~/.local/share/applications.
Вы также можете использовать редактор меню в стиле GNOME 2 в GNOME 3, alacarte, который есть в репозиториях для большинства дистрибутивов.