Как я могу построить с двумя разными осями Y?

Question

Я хотел бы наложить два точечных графика в R так, чтобы у каждого набора точек была своя (другая) ось y (т. Е. В позициях 2 и 4 на рисунке), но точки выглядели наложенными на один и тот же рисунок.

Возможно ли это сделать с plot?

Редактировать Пример кода, показывающего проблему

# example code for SO question
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
x <- 1:10
# in this plot y2 is plotted on what is clearly an inappropriate scale
plot(y1 ~ x, ylim = c(-1, 150))
points(y2 ~ x, pch = 2)

Answer 1

обновление : скопированный материал, который был на вики-странице R по адресу http://rwiki.sciviews.org/doku.php?id=tips:graphics-base:2yaxes,, теперь не работает: также доступен с машина обратного хода

Две разные оси Y на одном графике

(некоторые материалы первоначально были опубликованы Дэниелом Райдлом 2006/03/31 15:26)

Обращаем ваше внимание, что в очень немногих ситуациях целесообразно использовать две разные шкалы на одном графике. Очень легко ввести в заблуждение зрителя графики. Посмотрите следующие два примера и комментарии по этой проблеме ( example1 , example2 из Junk Charts ), а также эта статья Стивена Фью (в котором говорится: «Я, разумеется, не могу заключить раз и навсегда, что графики с двумерными осями никогда не будут полезны; только то, что я не могу представить себе ситуацию, которая оправдывает их в свете других, более эффективных решений».) # 4 в этом мультфильме ...

Если вы уверены, что основной рецепт состоит в том, чтобы создать свой первый график, установите par(new=TRUE), чтобы R не очищал графическое устройство, создав второй график с axes=FALSE (и установив xlab и ylab в не заполнять - ann=FALSE также должно работать), а затем с помощью axis(side=4) добавить новую ось с правой стороны и mtext(...,side=4), чтобы добавить метку оси с правой стороны. Вот пример, использующий немного подготовленных данных:

set.seed(101)
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
## second data set on a very different scale
z <- runif(10, min=1000, max=10000) 
par(mar = c(5, 4, 4, 4) + 0.3)  # Leave space for z axis
plot(x, y) # first plot
par(new = TRUE)
plot(x, z, type = "l", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "")
axis(side=4, at = pretty(range(z)))
mtext("z", side=4, line=3)

twoord.plot() в пакете plotrix автоматизирует этот процесс, как и doubleYScale() в пакете latticeExtra.

Другой пример (взято из сообщения в списке рассылки R Роберта Бэра):

## set up some fake test data
time <- seq(0,72,12)
betagal.abs <- c(0.05,0.18,0.25,0.31,0.32,0.34,0.35)
cell.density <- c(0,1000,2000,3000,4000,5000,6000)

## add extra space to right margin of plot within frame
par(mar=c(5, 4, 4, 6) + 0.1)

## Plot first set of data and draw its axis
plot(time, betagal.abs, pch=16, axes=FALSE, ylim=c(0,1), xlab="", ylab="", 
   type="b",col="black", main="Mike's test data")
axis(2, ylim=c(0,1),col="black",las=1)  ## las=1 makes horizontal labels
mtext("Beta Gal Absorbance",side=2,line=2.5)
box()

## Allow a second plot on the same graph
par(new=TRUE)

## Plot the second plot and put axis scale on right
plot(time, cell.density, pch=15,  xlab="", ylab="", ylim=c(0,7000), 
    axes=FALSE, type="b", col="red")
## a little farther out (line=4) to make room for labels
mtext("Cell Density",side=4,col="red",line=4) 
axis(4, ylim=c(0,7000), col="red",col.axis="red",las=1)

## Draw the time axis
axis(1,pretty(range(time),10))
mtext("Time (Hours)",side=1,col="black",line=2.5)  

## Add Legend
legend("topleft",legend=c("Beta Gal","Cell Density"),
  text.col=c("black","red"),pch=c(16,15),col=c("black","red"))

Подобные рецепты можно использовать для наложения графиков разных типов - гистограммы, гистограммы и т. Д.

Answer 2

Как следует из названия, twoord.plot() в пакете plotrix с двумя осями ординат.

library(plotrix)
example(twoord.plot)

Answer 3

Один из вариантов - сделать два участка рядом друг с другом. ggplot2 предоставляет хороший вариант для этого с facet_wrap():

dat <- data.frame(x = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 2))
  , y = c(rnorm(100), rlnorm(100, 9, 2))
  , index = rep(1:2, each = 100)
  )

require(ggplot2)
ggplot(dat, aes(x,y)) + 
geom_point() + 
facet_wrap(~ index, scales = "free_y")

Answer 4

Если вы можете отказаться от меток шкалы / оси, вы можете изменить масштаб данных с интервалом (0, 1). Это работает, например, для разных треков 'покачивания' на хромосомах, когда вы обычно интересуетесь локальными корреляциями между треками, и они имеют разные масштабы (охват в тысячах, Fst 0-1).

# rescale numeric vector into (0, 1) interval
# clip everything outside the range 
rescale <- function(vec, lims=range(vec), clip=c(0, 1)) {
  # find the coeficients of transforming linear equation
  # that maps the lims range to (0, 1)
  slope <- (1 - 0) / (lims[2] - lims[1])
  intercept <- - slope * lims[1]

  xformed <- slope * vec + intercept

  # do the clipping
  xformed[xformed < 0] <- clip[1]
  xformed[xformed > 1] <- clip[2]

  xformed
}

Затем, имея фрейм данных со столбцами chrom, position, coverage и fst, вы можете сделать что-то вроде:

ggplot(d, aes(position)) + 
  geom_line(aes(y = rescale(fst))) + 
  geom_line(aes(y = rescale(coverage))) +
  facet_wrap(~chrom)

Преимущество этого заключается в том, что вы не ограничены двумя траками.

Answer 5

Я тоже предлагаю, twoord.stackplot() в пакетах plotrix с более чем двумя осями ординат.

data<-read.table(text=
"e0AL fxAL e0CO fxCO e0BR fxBR anos
 51.8  5.9 50.6  6.8 51.0  6.2 1955
 54.7  5.9 55.2  6.8 53.5  6.2 1960
 57.1  6.0 57.9  6.8 55.9  6.2 1965
 59.1  5.6 60.1  6.2 57.9  5.4 1970
 61.2  5.1 61.8  5.0 59.8  4.7 1975
 63.4  4.5 64.0  4.3 61.8  4.3 1980
 65.4  3.9 66.9  3.7 63.5  3.8 1985
 67.3  3.4 68.0  3.2 65.5  3.1 1990
 69.1  3.0 68.7  3.0 67.5  2.6 1995
 70.9  2.8 70.3  2.8 69.5  2.5 2000
 72.4  2.5 71.7  2.6 71.1  2.3 2005
 73.3  2.3 72.9  2.5 72.1  1.9 2010
 74.3  2.2 73.8  2.4 73.2  1.8 2015
 75.2  2.0 74.6  2.3 74.2  1.7 2020
 76.0  2.0 75.4  2.2 75.2  1.6 2025
 76.8  1.9 76.2  2.1 76.1  1.6 2030
 77.6  1.9 76.9  2.1 77.1  1.6 2035
 78.4  1.9 77.6  2.0 77.9  1.7 2040
 79.1  1.8 78.3  1.9 78.7  1.7 2045
 79.8  1.8 79.0  1.9 79.5  1.7 2050
 80.5  1.8 79.7  1.9 80.3  1.7 2055
 81.1  1.8 80.3  1.8 80.9  1.8 2060
 81.7  1.8 80.9  1.8 81.6  1.8 2065
 82.3  1.8 81.4  1.8 82.2  1.8 2070
 82.8  1.8 82.0  1.7 82.8  1.8 2075
 83.3  1.8 82.5  1.7 83.4  1.9 2080
 83.8  1.8 83.0  1.7 83.9  1.9 2085
 84.3  1.9 83.5  1.8 84.4  1.9 2090
 84.7  1.9 83.9  1.8 84.9  1.9 2095
 85.1  1.9 84.3  1.8 85.4  1.9 2100", header=T)

require(plotrix)
twoord.stackplot(lx=data$anos, rx=data$anos, 
                 ldata=cbind(data$e0AL, data$e0BR, data$e0CO),
                 rdata=cbind(data$fxAL, data$fxBR, data$fxCO),
                 lcol=c("black","red", "blue"),
                 rcol=c("black","red", "blue"), 
                 ltype=c("l","o","b"),
                 rtype=c("l","o","b"), 
                 lylab="Años de Vida", rylab="Hijos x Mujer", 
                 xlab="Tiempo",
                 main="Mortalidad/Fecundidad:1950–2100",
                 border="grey80")
legend("bottomright", c(paste("Proy:", 
                      c("A. Latina", "Brasil", "Colombia"))), cex=1,
        col=c("black","red", "blue"), lwd=2, bty="n",  
        lty=c(1,1,2), pch=c(NA,1,1) )

Answer 6

Другой вариант, который похож на принятый ответ @BenBolker, - переопределение координат существующего графика при добавлении второго набора точек.

Вот минимальный пример.

Данные:

x  <- 1:10
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)

Участок:

par(mar=c(5,5,5,5)+0.1, las=1)

plot.new()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y1))
points(x, y1, col="red", pch=19)
axis(1)
axis(2, col.axis="red")
box()

plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y2))
points(x, y2, col="limegreen", pch=19)
axis(4, col.axis="limegreen")