AFAIK, электронные письма MIME не имеют стандарта для заказа различных частей (HTML, открытый текст, встраивание). Поэтому вам нужно перебирать все части и получать нужные вам части.
Но поскольку структура Zend_Mail является рекурсивной, итерация должна быть довольно простой. Может быть, вы можете поделиться своим кодом с нами, чтобы мы могли прокомментировать его (если есть что комментировать)?