Как исправить проблемы, возникающие при установке запонок и Boost?

Question

У меня проблема с установкой Запонки . Перед установкой Запонок я сначала установил Boost с:

bjam --prefix=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ toolset=gcc link=static install

Кажется, все в порядке.

Однако при установке запонок возникает проблема с установкой Boost. Смотрите ошибку ниже:

checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for boostlib >= 1.38.0... configure: error: We could not detect the boost libraries (version 1.38 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option.  If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See http://randspringer.de/boost for more documentation.
dhcp128036164110:cufflinks-1.0.3 jimmy$ ./configure --prefix=/Users/jimmy/Downloads/ --with-boost=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/

Если я что-то пропустил, не могли бы вы сказать мне, что сейчас не так? Спасибо.

PS: я использую Mac OS X (не Windows)

Answer 1

Вот полная процедура, которую я использовал для установки Запонок из исходного кода в 64-битной системе Linux Redhat без прав root.

Install Boost

1. Создайте каталог для установки в
mkdir ~/bin/boost_1_55_0

2. Скачать Boost
wget http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.tar.gz

3. Распакуйте Boost
tar xzvf boost_1_55_0.tar.gz

4. Перейдите в каталог наддува
cd boost_1_55_0

5. Запустите скрипт bootstrap.sh
./bootstrap.sh

6. Запустите скрипт b2
./b2

7. Снова запустите скрипт b2 для установки.
./b2 install –prefix=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

8. Добавьте каталог установки к нескольким переменным среды в ~ / .bashrc

Добавьте / luster / home / jernest1 / bin / boost_1_55_0 / lib в LD_LIBRARY_PATH
Добавьте / luster / home / jernest1 / boost_1_55_0 к новой переменной BOOST_ROOT
Добавьте / luster / home / jernest1 / boost_1_55_0 к новой переменной CPLUS_INCLUDE_PATH

9. Источник ~ / .bashrc
source .bashrc

Установка инструментов SAM

1. Скачать инструменты sam
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2

2. Распаковать
tar jxvf samtools-0.1.17.tar.bz2

3. Перейдите в каталог samtools
cd samtools-0.1.17

4. Запустите make
make

5. Создайте новые каталоги для файлов библиотеки sam, если они еще не существуют
mkdir –p ~/bin/lib
mkdir –p ~/bin/include/bam

6. Скопируйте файл libbam.a в ~ / bin / lib /
cp libbam.a ~/bin/lib/

7. Скопируйте файлы заголовков в ~ / bin / include / bam /
cp *.h ~/bin/include/bam/

8. Скопируйте исполняемую программу samtools в каталог в вашем PATH
cp samtools ~/bin/

9. Добавьте каталог bam в новую переменную BAM_ROOT в ~ / .bashrc

Установить библиотеки Eigen

1. Скачать библиотеки Eigen
wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.2.3.tar.gz

2. Распаковать
tar xzvf 3.2.3.tar.gz

3. Перейдите в каталог Eigen
cd eigen-eigen-36fd1ba04c12

4. Скопируйте подкаталог Eigen в ~ / bin / include /
cp -r eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen/ ~/bin/include/

Установить запонки

Вариант 1: установить официальный релиз

1. Создайте каталог для установки.
mkdir cufflinks_2.2.1

2. Перейдите в этот каталог cd cufflinks_2.2.1

3. Скачать запонки
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz

4. Распаковать
tar xzvf cufflinks-2.2.1.tar.gz

cd cufflinks-2.2.1

5. Запустите скрипт настройки
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2.2.1 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6. Запустите make
make

7. Запустите make install
make install

При желании скопируйте ~ / cufflinks_2.2.1 / bin / cufflinks в ~ / bin /

Вариант 2: установка из проекта Github

1. Создайте каталог для установки в
mkdir cufflinks_2014-12-11

2. Перейдите в этот каталог
cd cufflinks_2014-12-11

2. Скачать проект Github
Нажмите кнопку «URL-адрес клонирования HTTPS», чтобы сохранить расположение URL в буфере обмена.

Скачать
git clone https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks.git

4. Запустите autogen.sh для преобразования configure.ac в configure
./autogen.sh

5. Запустите скрипт настройки
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2014-12-11 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6. Запустите make
make

7. Запустите make install
make install

При желании скопируйте ~ / cufflinks_2014-12-11 / bin / cufflinks в ~ / bin /