Proguard - отличный инструмент для создания исполняемого jar - если вы не используете sbt (если это так, используйте sbt-proguard-plugin, советуют другие), то стандартный способ создания исполняемого jar из затмения будетсоздать файл сборки ant, а затем сослаться на эту сборку ant из eclipse.
Почти все разработчики Android, использующие scala, используют proguard, и вы найдете у них много документации по этому поводу.
Вот документация Proguard о создании задачи ant: http://proguard.sourceforge.net/index.html#/manual/ant.html
И шаг 4 на этой странице о разработке Android из Scala IDE wiki содержит конкретные шаги по добавлению файла сборки Ant в Eclipse.
http://www.assembla.com/wiki/show/scala-ide/Developing_for_Android