UIImage *newImg = [UIImage imageWithCGImage:cgimg];
Не проблема, вы добавляете newImg в массив, поэтому он не должен быть уничтожен после выхода из метода.
Проблема
CIImage *outputImage = [ begin imageByApplyingTransform:transform];
, но в любом случае, предложение использовать
@autoreleasepool {
...
}
это хорошо.
Также, если вам больше не нужны входные изображения, вы можете попробовать удалить их из массива после создания newImg.