Если ваш процесс MySQL запущен, остановите его. На Debian:
sudo service mysql stop
Перейдите в папку с данными. На Debian:
cd /var/lib/mysql/$DATABASE_NAME
Попробуйте запустить:
myisamchk -r $TABLE_NAME
Если это не сработает, вы можете попробовать:
myisamchk -r -v -f $TABLE_NAME
Вы можете снова запустить сервер MySQL. В Debian:
sudo service mysql start