Комментарий в верхней части разметки заставляет IE отображать в режиме Quirks, что и вызывает проблемы. В IE, если что-либо предшествует типу документа в разметке, он запускает рендеринг в режиме Quirks.
со страницы источника:
<!-- Brown Callout/Brown Sidebar -->
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
Если я использую инструменты разработчика IE для перевода страницы в стандартный режим, страницы центрируются, как и должно быть, и меню работает.