Все зависит от того, чего вы пытаетесь достичь. Лично я не редактирую файл php.ini напрямую для установки include_paths, я использую следующую конструкцию в коде:
// This will append whichever path you would like to the current include path
// And I believe that PHP is smart enough to convert / with \ if on a windoze box
// If not you can replace / with DIRECTORY_SEPARATOR
set_include_path(get_include_path() . PATH_SEPARATOR . 'my/custom/path');
- Правка -
Скорее всего, в вашей системе может быть несколько копий php.ini, и вы не редактируете ту, которая используется PHP.