Моя интерпретация поста Java3D заключается в том, что они добавляют новый граф сцены, а не заменяют его текущий, чтобы более эффективно работать с JavaFX, нацеленным на веб-приложения. Я использовал Java3D в прошлом, и мне понравилось, поэтому я бы порекомендовал попытаться связаться с разработчиками и спросить, каковы их планы относительно любого приложения, которое вы создаете.