Я бы проверил, что рассматриваемые базы данных имеют одинаковую область действия.Вы говорите, что они имеют одинаковую структуру, но имеют ли они одинаковый размер?Если ваш тестовый набор содержит только 100 записей, когда в производстве 100000000, это одна огромная потенциальная область для проблем с производительностью.